Fundamentos de la Clasificación

En la actualidad, la construcción del sistema de clasificación se realiza sobre las especies ya descriptas, con el árbol filogenético ya construido. Una vez están determinados los clados del árbol filogenético, la taxonomía es la ciencia que decide cuáles de esos clados serán convertidos en taxones. Un taxón es un clado al que se le ha dado un nombre en latín, una descripción (o circunscripción), al que se le ha asignado una categoría taxonómica, que ha sido asociado a un "tipo", y que fue el primero publicado con esa circunscripción o esa descripción en una revista científica.
La decisión de qué clados deberían convertirse en taxones, y la decisión de en qué categorías taxonómicas debería estar cada taxón, son un poco arbitrarias, pero hay ciertas reglas no escritas que los investigadores utilizan para que el sistema de clasificación sea "útil". Para que un sistema de clasificación resulte útil debe ser manejable, y para ello debe organizar la información de la forma en que sea más fácil de recordar. Judd y colaboradores (2002) coinciden en que:

1. cada taxón debe tener evidencia fiable de que forma un grupo monofilético: para convertir un clado en taxón debe haber muchas sinapomorfias que lo justifiquen, y debe haber una cantidad de caracteres diagnósticos que permitan diferenciarlo del resto de los taxones, lo cual ayuda a la estabilidad del sistema de clasificación;
2. algunos sistemáticos apoyan la idea de que cada taxón debe tener caracteres morfológicos obvios que permitan identificarlo, lo cual ayuda a la identificación por los no sistemáticos y a inferir muchos aspectos de su biología;
3. los taxones que componen un sistema de clasificación deben tener, en lo posible, entre 3 y 7 subtaxones, un número que puede manejar con facilidad la memoria humana (Stevens 1998). En las palabras de Davis y Heywood (1963:83): "Debemos ser capaces de ubicar a los taxones en taxones de categoría más alta de forma que podamos encontrarlos de nuevo".
4. Otro criterio es la estabilidad de la nomenclatura. Los grupos que ya han sido nombrados en el pasado deben continuar con el mismo nombre en lo posible.

Una vez acordado qué clados convertir en taxones, los sistemáticos deben decidir en qué categorías taxonómicas ubicarlos, lo cual es arbitrario. Por razones históricas se utilizan las categorías linneanas de clasificación: reino, filo o división, clase, orden, familia, género y especie (ver la sección de historia de la taxonomía). Los mismos criterios utilizados para saber si nombrar un taxón pueden ser utilizados para saber en qué categoría taxonómica ubicarlo, en especial el de la estabilidad en la nomenclatura.
Los sistemas de clasificación que nacen como resultado de la taxonomía tienen dos utilidades:

• Sirven como contenedores de información. Los científicos de todo el mundo utilizan los taxones como unidad de trabajo, y publican los resultados de sus trabajos en relación con el taxón estudiado. Por lo tanto los nombres científicos de los organismos son la clave de acceso a un inmenso cuerpo de información, disperso en muchas lenguas y procedente de muchos campos de la Biología. "El nombre de un organismo es la llave hacia su literatura" (Davis y Heywood 1963).
• Permiten hacer predicciones acerca de la fisiología, ecología y evolución de los taxones. Por ejemplo, es muy común que cuando se encuentra un compuesto de interés médico en una planta, se investigue si ese compuesto u otros similares se encuentran también en otras especies emparentadas con ella.