El criterio para la clasificación de los seres vivios a variado a lo largo de historia. Como el surgimiento de la teoría de la evolución. La mayoría de los autores intentaron que la clasificación fuera “ natural”. Un esquema natural es aquel en el cual se pone de manifiesto la probable cercanía evolutiva entre los organismos, más que sus semejanzas morfológicas.
Con ese objetivo se tomaron elementos de las disciplinas que aportaron a la teoría de la evolución (anatomía y embriología comparadas, paleontología, etc.), a los que se fueron incorporando datos morfológicos, fisiológicos y reproductivos, a la medida que se profundiza en el conocimiento de los organismos actuales.
El estudio de la ultraestructura celular mostró una divergencia importante entre dos tipos básicos. Procarionte y eucarionte. Esto llevó a los autores modernos a separar a los procariontes, bacterias y cianofitas (también llamadas algas azul verdes y, en la actualidad, cianobacterias), el resto de los organismos.
También se han incorporado los datos bioquímicos referentes a síntomas y metabolismo de diversas sustancias, a las estructuras de proteínas claves para la vida y a la evolución, y a comparaciones entre distintos ácidos nucleicos. Esto representó una importante contribución para el desarrollo del esquema clasificatorio.
La importancia que los distintos autores han atribuido a los diferentes tipos de datos ha dado como resultado, a nivel de grupo de gran jerarquía (reinos, subreinos), una amplia diversidad de esquemas clasificatorios.
Exploraremos la propuesta de Whittaker (1969), en la clasificación de cinco reinos.
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